为了不使周围的人受到牵连，他便化作江户川柯南，寄住在青梅竹马的毛利兰家里，利用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利兰的父亲毛利小五郎沉睡，接着用蝴蝶结变声器模仿毛利小五郎的声音进行推理。
在利用侦探毛利小五郎解决各种案件的同时，江户川柯南也在调查着让他身体变小的黑衣人。
这些就是名侦探柯南的大概剧情，小智穿越的时间点是剧情开始的前三年，这点小智已经在系统哪里确认过了。
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