六科的封驳以及廷议等繁琐流程，对边务军机、将校任命、军需辎重直接插手，在一定程度上提高了决策效率，并将不通兵事的阁臣，排除在决策中枢之外。
而最让昌平帝满意的是，军机处和内阁最大的不同就是军机处没有定额，所有军机大臣都是兼职，而且对品级没有固定要求，可任由昌平帝安插亲信，越级提拔，直接参与边务决策。
此举无疑是对内阁决策机制的“粗暴践踏”和“恣意破坏”，加强了君主集权。
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