推荐熊廷弼、张鹤鸣、李长庚、薛国用、袁应泰等人，并且上书分析了辽东军事战败的原因，由于杨鹤的说话太直，受到当时大官的讨厌，大官们打算借别的事把杨鹤赶走，杨鹤于是自己称病离开了。正好杨鹤父亲去世，依律杨鹤居家守丧。天启初年，朝廷起用杨鹤为太仆少卿，又提升为右佥都御史，让他去巡抚南安、赣州。尚未上任，母亲又死了，广宁的战事遭失败，魏忠贤因为杨鹤庇护过熊廷弼，把他给除了名。
崇祯元年(1628年)，出任左佥都御史，又提升为左副都御史。杨鹤便提出了自己的建议，他称：“谋求天下大治的要领在于培植元气。朝廷进行大规模战争、兵役以来，经常不断地对下边进行加派，目前公私财力交困，百姓的元气受到了伤害。自从辽左、贵州、四川兵败失控后，暴骨成丘，封疆的元气受到了伤害。自从朝廷里缙绅结党，彼此倾轧以来，谋逆的宦官乘机出来，打击好人，士大夫的元气受到了伤害。现在的国家就如同大病初愈，身上脉络还没调养好，风邪病毒容易侵染，治理的办法在于培植元气。”当时人们把他的这些话当成了名言。
当时，白水有一个叫王二的人出来纠集群众，用墨汁涂了脸，闯进澄城，杀掉了知县张耀采，至此其他盗贼也蜂拥而起。第二年，陕西总督武之望死掉，很长时间廷臣都没人肯去接任，大家都推杨鹤过去。崇祯皇帝召见杨鹤，向他询问治理方略。杨鹤回答说：“清慎自持，抚恤将士而已。”崇祯于是任命杨鹤为兵部右侍郎，让他接替武之望总督陕西三边军务。杨鹤到任时大梁、大旺、王二已被铲除，但是跟着起来的贼寇更多了。
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