部执掌全国军政，但指挥权却在总参谋部。只不过在这个时代，二者之间的级别调过来了而已。
作为总参谋长的知枢密院使，在品级上要高于身为国防部长的兵部尚书。不仅如此，黄琼老爹还规定枢密使，虽说兼任参知政事，也就是相当于副相。但与兵部尚书，不得由一人担任。武官最大也只能坐到副使，正职必须要由文官担任，而且必须是两榜进士出身。
同时设立殿前司，将最精锐的部队京城内外驻军，直接由皇帝掌握。这样一来，不管是文官还是武将，想要完全掌握军权都几乎不可能。至于原来的执掌全国军务，兵部尚书尚在其管辖之下的太尉，由实职变成了一个虚衔，再也无任何实权。
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