曼祖基奇在2012年欧洲杯后加盟拜仁，随队夺得一次欧冠冠军、两次德甲冠军、两次德国杯冠军、一次欧洲超级杯冠军和一次世俱杯冠军。效力拜仁两个赛季里，曼祖基奇在德甲赛场出场五十四次打进三十三球，各项赛事则是出场八十八次打进四十八球，展现出极高的进球效率。
但随着何塞普·瓜迪奥拉在2013年夏天入主拜仁后开始尝试无锋阵，曼祖基奇因此一度沦为替补，而随着罗伯特·来万多夫斯基的加盟，曼祖基奇若选择留队将无法获得稳定的出场时间，最终选择离开。
2014年7月10日，拜仁官网宣布曼祖基奇正式加盟马德里竞技足球俱乐部。马竞在其官网宣布，在和床单军团签署一份五年的合同前，曼祖基奇已经通过马竞方面的体检，其转会费达到两千二百万欧元。而曼祖基奇在接受完体检之后继续享受假期，在结束假期来到球队报道后，曼祖基奇正式亮相卡尔德隆球场。
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