德的邀请，于2001年6月7日宣布加盟德甲豪门拜仁慕尼黑。
这一出色的成绩也让他成为拜仁慕尼黑的目标，2001年7月拜仁用八百万欧元买来了这位冉冉升起的新星，而皮萨罗来到不莱梅时的身价不过是一百五十万欧元。
来到拜仁后皮萨罗延续了不莱梅时期的良好势头，他在01/02赛季第二轮对沙尔克04的比赛中打进了在拜仁的处子球，秘鲁小子很快就得到了球迷们的认可，球迷们亲切地称他为印加之神，皮萨罗两个赛季打入三十七个进球，成为拜仁夺取02/03赛季联赛杯赛双冠王的重要一员。在拜仁的日子里，无论锋线搭挡是巴西人埃尔伯，还是荷兰射手马凯，皮萨罗都可以与他们很好地配合，最大限度地发挥拜仁的攻击力，无论球队成绩如何，他都是全队发挥最稳定的球员之一，几个赛季的进球数量也十分稳定。
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