托尼和奥利奇之后的拜仁第五前锋。
2009年3月11日欧冠18决赛第二回合，拜仁慕尼黑主场对阵里斯本竞技，第七十二分钟穆勒换下施魏因斯泰格，而第九十分钟，索萨开出角球，替补登场的穆勒混战中近距离破门，成功地完成了其个人在欧洲赛场的首演，最终拜仁在主场七比一大胜，总比分十二比一淘汰里斯本竞技晋级八强。
2009年9月12日拜仁和多特蒙德的比赛，穆勒再次替补登场，本场比赛他独中两元，帮助拜仁五比一横扫对手，不仅打入德甲处子球，还超额完成了任务，他也在赛后被媒体评为本场比赛的最佳球星。2009年9月13日盖德·穆勒将托马斯·穆勒钦点为自己的接班人，2009年9月16日2009-10赛季欧冠第一轮，拜仁对阵海法马卡比，比赛第八十五分钟，奥特尔禁区内接普拉尼奇直塞球回敲中路，穆勒在禁区弧顶处得球后右脚抽射球门底角得分，将比分扩大为二比零，三分钟后戈麦斯利用速度摆脱后卫防守后右路传中，穆勒门前近距离右脚捅射破网，将比分定格为三比零。
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