，克罗斯帮助罗斯托克取得亚军，赛季中的表现得到拜仁慕尼黑球探的注意，最终在2006年拜仁慕尼黑俱乐部和罗斯托克俱乐部达成协议，克罗斯留在罗斯托克一年读完中学，然后加盟拜仁慕尼黑。
2007年9月26日在拜仁慕尼黑以五比零战胜科特布斯的德甲联赛中，克罗斯在第七十二分钟替换泽·罗伯托登场，创造了拜仁慕尼黑最年轻的球员联赛出场纪录，同时克罗斯在这场比赛中以两个助攻帮助拜仁完成了两粒进球。2007年10月4日在欧洲联盟杯拜仁客场对阵比兰伦斯的比赛中，克罗斯在第八十一分钟替换巴斯蒂安·施魏因施泰格上场，完成了自己的欧洲赛事首秀。2007年10月25日在联盟杯拜仁对阵贝尔格莱德红星的比赛中，克罗斯完成首个职业入球，并帮助拜仁以三比二逆转对手，2007年11月10日在拜仁客场对阵斯图加特的德甲比赛，克罗斯获得了首个首发出场的机会。
2008-2009赛季的冬歇期，克罗斯为了取得更多的上场机会，被租借到勒沃库森足球俱乐部，为期一年半。2009年12月19日在勒沃库森三比二战胜门兴格拉德巴赫的比赛中，克罗斯第一次在德甲联赛中梅开二度，帮助球队取得德甲冬歇期冠军。2009年12月及2010年1月克罗斯连续被德国足球杂志《踢球者》评选为当月最佳球员;还连续三周当选《踢球者》评选的单轮最佳，成为德甲历史上第一位荣获该项殊荣的球员。
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