诺伊尔由于在赛季前脚部骨折，休息了较长的一段时间，球队在欧洲联赛被及早淘汰，在德国杯也止步八强，这是诺伊尔在沙尔克04期间的最差成绩。
2009-10赛季诺伊尔再次保持全勤，打满全部德甲比赛，该赛季沙尔克04再次获得德甲亚军，这也是诺伊尔自己的第二个德甲亚军。2010年5月9日德甲第三十四轮沙尔克客场对阵美因茨，诺伊尔扑出包括一粒点球在内的多次射门，零封对手帮助球队战平从客场带回一分，成为本轮最佳球员，沙尔克04在获得2009-10赛季德甲联赛亚军的同时还成为2009-10赛季失球最少的最佳后防球队之一，整赛季失三十一球.
2010-11赛季当德国杯决赛原沙尔克04队长海科·韦斯特曼转投汉堡后，诺伊尔被主教练菲利克斯·马加特任命为新任队长。2011年2月4日2010-11赛季德甲联赛第二十一轮，鲁尔德比战沙尔克04客场挑战多特蒙德，诺伊尔十次扑救零封多特，沙尔克04最终零比零逼平多特，客场带走一分。
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