，只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败，在1999-00赛季拜仁获得了历史上第三个联赛和德国杯赛双冠王。
2000-01赛季拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军，当时在联赛最后一轮，在比赛进行到九十分钟却被对手汉堡足球俱乐部射手谢尔盖·巴巴雷茨攻破球门，使得冠军就要旁落的不利情况下，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的禁区内间接任意球逼平汉堡队，在最后时刻夺得德甲冠军。不久之后拜仁在欧洲冠军杯决赛上依靠点球击败了瓦伦西亚足球俱乐部，在时隔二十五年之后重新捧起欧洲冠军杯，2001-02赛季初拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。
2002-03赛季拜仁获得了球队历史上的第四个联赛和德国杯双冠王，领先第二名二十六分的成绩也创造了德甲联赛的历史，希斯菲尔德的王朝在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，并且在德国杯赛也负于乙级球队亚琛足球俱乐部而止步不前，之后菲利克斯·马加特接过了球队的教鞭，并带领拜仁获得了两个联赛和德国杯赛双冠王。
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