2012-13赛季在西甲前19轮的比赛中，伊斯科都以首发身份出战，贡献四球及一次助攻，他送出进球或助攻的比赛，马拉加都拿下胜利。
其中在2012年11月25日马拉加主场四球大胜老东家瓦伦西亚，以及2012年12月23日马拉加主场三比二战胜皇家马德里的比赛中，伊斯科都取得了进球。而在欧洲赛场伊斯科不但率领马拉加通过了附加赛的考验，队史首次打进欧冠正赛，而且还最终率领球队打进欧冠八强。伊斯科在2012-13赛季代表球队在各项比赛中出场四十七次，打进十二球。
2012年12月22日伊斯科力压斯蒂芬·艾尔·沙拉维，以十二分的微弱优势夺得欧洲金童奖，伊斯科是继法布雷加斯之后第二位获此殊荣的西班牙球员。
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