流动性大，作战部队又不得不经常进入自然疫源地和疫区作战，传染源控制起来非常困难。
在正式介入两广之前，林默天曾经申请头批支前，跟公共卫生口的几位元老搞了一点卫生侦查工作，大致搞清了准治安区的卫生情况、传染病谱、地方病流行情况和水源水质情况。其实结果也并不出乎意料，最主要的还是肠道传染病和疟疾。由于无处不在的运力问题，消杀灭药械并不是随要随有的，又没有充足的疫苗，林默天只能搞了些权益的办法，比如借鉴旧位面解放军的经验，搞了一套“三打两分一保管”的制度，也就是“炊事员专人打饭、打菜、打汤，分水洗手、洗碗，碗筷自行保管”；又如专门给炊事员安排了统一查体，重新筛了一遍相关病史；或者用更加密集的宣传教育攻势强调常规的饮用水消毒和禁止喝生水之类，为的就是防止肠道流行病的爆发。
但是仗打起来就往往顾不了那么多了。成千上万的小部队分散在全省作战，即使在县城里的卫戍部队的条件也好不到哪里去。执行清剿和巡逻任务的时候，食宿条件就更谈不上了，制定下发出来的卫生防病措施大多是一纸空文。即使是前线卫生制度整顿之后，傅良奇面临的情况仍是如此。
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