明代漕运，最开始是漕军负责。自洪武后，即安排漕军在运河周边屯田，并负责运输漕粮、维护运河等任务，负责的为漕运总兵。
洪武时期，京师在南京，漕运任务非常轻松；为了打击蒙古而向北方和辽东的漕运，洪武时期一直海运为主，最高时一年七十万石全靠海运。
永乐迁都北京后，开始时候是海运、陆运和河运并举，第一任漕运总兵为平江伯陈瑄，当时他管着运河、陆地转运和海运三部分人马，鼎盛时期的海运在他的调度指挥下，也超过了七十万石。
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