寿昌曾经做过增补和整理，其时大体已成定本。最后成书最迟在东汉前期，流传的大多是在三国时期魏元帝景元四年刘徽为《九章》所作的注本。
《九章算术》内容十分丰富，全书总结了战国、秦、汉时期的数学成就。同时，《九章算术》在数学上还有其独到的成就，不仅最早提到分数问题，也首先记录了盈不足等问题，《方程》章还在世界数学史上首次阐述了负数及其加减运算法则。它是一本综合性的历史著作，是当时世界上最简练有效的应用数学，它的出现标志中国古代数学形成了完整的体系。而郑玄的研究，将算术与周易的结合，更加让人难解。
特别是第九章“勾股”，列明了利用勾股定理求解的各种问题。其中的绝大多数内容是与当时的社会生活密切相关的，提出了勾股数问题的通解公式，而在西方，毕达哥拉斯、欧几里得等仅得到了这个公式的几种特殊情况，直到三世纪的丢番图才取得相近的结果，这已比《九章算术》晚约3个世纪了。勾股章还有些内容，在西方却还是近代的事。例如勾股章最后一题给出的一组公式，在国外到十九世纪末才由美国的数论学家迪克森得出。
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