他遍注儒家经典，使古文经学达到了成熟的境地。他的门徒上千，长年追随在身边的就有四百余人，其中优秀者亦达五十人以上。
马融为人比较骄贵和讲究，虽然门徒众多，但他只亲自面授少数高材生，其余学生则由这些高材生转相授业。郑玄投学门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授。但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到了疑难而不能自解。有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。郑玄当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已。自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头更进一步。
郑玄在马融门下又学习了七年，因父母年迈需要归养，就向马融告辞返回山东故里。马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”可惜郑玄东归之后，却遭遇党锢之祸，被禁锢在家不得出门再游学教授。
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