其手下将领罗青汉、董钟孙率怨军作乱。辽都统耶律余睹、萧干率军平叛，郭药师等人乘机杀了罗青汉、董钟孙等人，接受辽过朝廷招安。
当时，辽国朝廷从怨军中选出2000人，编为四营，分别任命郭药师、张令徽、刘舜仁、甄五臣各自统领。剩下6000人分送各路为禁军。为了彻底解决怨军的问题，耶律余睹向萧干建议：“前年两营叛，劫掠乾州，已从招安；今岁全军复叛，而攻锦州。苟我军不来，城破，则数万居民被害。所谓怨军，未能报怨于金人，而屡怨叛于我家。今若乘其解甲，遣兵掩杀净尽，则永诀后患。”
听了耶律余睹的建议后，萧干沉思良久，未予同意。萧干觉得，怨军虽然是汉人组成，但“亦有忠义为一时胁从者，岂可尽诛杀之？”因为萧干的一善之念，郭药师等得以保全性命。从那时起，郭药师性善多变，反复无常的特点已初露端倪。
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