渐渐染病不起，最终与世长辞，谥曰文恭。嘉庆希望他参加自己六旬万寿的念想，终是未能实现。
董诰致仕之后，嘉庆也提拔了协办大学士戴均元与兵部尚书和宁担任军机大臣。然而一年之后，和宁便因年迈体衰，被嘉庆调回兵部专任部务，嘉庆又提拔了文孚进入军机处，文孚也是嘉庆所任命的最后一位军机大臣。
就在董诰致仕的同时，广州的阮元却也收到了一份讣告，阮元看了，当即悲痛不已。原来上一年冬天，定居江宁的孙星衍回到常州祭祖扫墓，然而上年江南又是寒冬天气，孙星衍祭扫之时更是奇寒彻骨。结果孙星衍方才回到江宁，便即一病不起，最终药石难愈，于嘉庆二十三年正月十二日在江宁病故，终年六十六岁。
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