阮元授了庶吉士之后，便继续在翰林院中读书学习。所谓庶吉士，是朝廷授予部分新科优秀进士的头衔，但庶吉士既无官品，也无实职，只能算预备官员。要等三年学习期满，经过散馆考试，朝廷认定庶吉士确有实才，才能授予实际职务。
但阮元进得翰林院不久，朝廷便颁下诏令，因乾隆八旬盛典在即，阮元这一届庶吉士只需学习一年，到乾隆五十五年初，便要散馆。故而庶吉士们也只好继续强打起精神，再埋头苦读一年，以备散馆考试。翰林课业自也繁重，自经史至文赋，均要兼通，但阮元自幼喜爱散文史籍，这时有一年时间精研于此，而非强作八股，倒是比应举那几年自在许多。
翰林平日有不少教习，大教习只和珅和彭元瑞二人，平日公务繁忙，来翰林院教习的次数不多。除此之外，另有数名小教习，钱大昕便是其中之一。他在小教习中，学问最精，自二十四史，至天文历算，无不精通，故而阮元也最喜钱大昕为之授课。
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